レイヤー
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GeoGebraでは，ユーザーが複数のオブジェクトを同時にクリックした際，どのオブジェクトを選択またはドラッグするかを決定するためにレイヤーが使用される． |
デフォルトでは，すべてのオブジェクトはレイヤー0に描画され，基本的に
グラフィックスビュー
の背景レイヤーとなる．レイヤーは全部で10種類あり（0から9まで），番号の大きいレイヤーは番号の小さいレイヤーの上に描かれる．
プロパティダイアログの 上級 タブを使うと，あるオブジェクトのレイヤーを変更することができる（0から9までのレイヤーが使用可能）．少なくとも1つのオブジェクトのレイヤー番号をレイヤー0と異なる番号に変更すると (例えばレイヤー3に変更)， すべての新しいオブジェクトはどのオブジェクトにも使われている最も大きい番号（例えばレイヤー3）のレイヤーに描画される．
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GeoGebraデスクトップ版では，任意のオブジェクトを選択した後，編集メニューから
現在のレイヤーを選択（キーボードショートカット：Ctrl |
レイヤーのさらなる活用
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SVGエクスポートでは，オブジェクトはレイヤーごとにグループ化される．
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レイヤーは，GeoGebra アプレットの JavaScript インターフェイスを使用して制御できる．